La calidad de la educación en la Universidad del Istmo se ve reflejada en los premios y reconocimientos que han recibido sus alumnos.

2014: Primer lugar en el Concurso de Creatividad en Ciencia, Tecnología e Innovación 2014, evento organizado por el Instituto Tecnológico de Salina Cruz. Obtenido por los alumnos Brena Luis Rosa Isela, Ruiz López Peniel y Sánchez Jarquín Jhoanna Ángel.

2012: Tercer lugar en el Concurso Nacional de Programación, organizado por la Universidad del Golfo de México, Campus Oaxaca. Obtenido por los alumnos Peniel Ruiz López y José Luis Fuentes Moreno.

2011: Tercer lugar en el V Concurso Estatal de Minirobótica, evento organizado por la Universidad Tecnológica de la Mixteca. Obtenido por el equipo UNISTMO "RJ-LMU", integrado por los alumnos Jose Luis González Galvez, Erwis Melchor Pérez y Jose Pablo Santiago Cabrera.

2010: Segundo lugar en la categoría de Carteles de Bioprocesos y sustentbilidad, evento realizado por la Sociedad Latinoamericana de Biotecnología Ambiental y Algal. Premio obtenido por Dra. María Isabel Lezama Rodríguez, M.C. Gregorio García Pérez, Dra. Jesús Hernández Ventura, Dr. Fernando Morales Anzures, Dra. Pastora Salinas Hernández, M.C. Felipe de Jesús Hernández Loyo.

Medalla de Oro en la XV Olimpiada Iberoamericana de Química, la cual se realizó en la Facultad de Química de la Universidad Nacional Autónoma de México el 1 de noviembre de 2010. Medalla obtenida por el alumno Alan Carrasco Caballero.

2009: Primer Lugar en Diseño del logotipo del servicio de gastroenterología del Centro Médico Nacional 20 de noviembre. Obtenido por la alumna Dhanaé Alhelí Pérez Arellanes.

Tercer Lugar en el concurso “Robots seguidores de Trayectorias”. Dentro del marco del Congreso Internacional de Mecatrónica y Segundo Congreso Nacional de Politécnicas. Universidad Tecnológica de la Mixteca. Obtenido por los alumnos Getsemaní Arísta López, Josué Cervantes Sánchez y Carlos Mijangos Jiménez

2008: Primer Lugar en el concurso “Robots seguidores de Trayectorias”. Dentro del marco del Congreso Internacional de Mecatrónica y Segundo Congreso Nacional de Politécnicas. Universidad Politécnica de Chiapas. Obtenido por los alumnos José Yedid Aguilar López, Martha del Carmen Ferra González, María del Rosario Santiago Carrasco y su Robot NOVATO.

2007: Primer Lugar en el Primer Concurso Estudiantil de Diseño “Logotipo y Lema”. Universidad de Sonora, División de Ciencias Sociales. Obtenido por la alumna Dhanaé Alhelí Pérez Arellanes, estudiante de la carrera de Ingeniería en Diseño.