El modelo educativo de la Universidad del Istmo se desarrolla en instalaciones ubicadas en un medio sano y adecuado para una formación profesional; para ello cuenta con servicios como biblioteca, salas de cómputo, laboratorios, auditorio, cafetería, viviendas de profesores, entre otros. La Universidad del Istmo tiene como finalidad:

Docencia.
Impartir educación superior en los niveles de Licenciatura, Maestría y Doctorado, para formar profesionales, investigadores y profesores altamente capacitados.

Investigación
Contribuir mediante el desarrollo de investigación y de la educación superior, a la independencia económica, científica, tecnológica y cultural del Estado y del País, creando condiciones que propicien un adecuado desarrollo social.

Difusión de la Cultura
Promover toda clase de actividades tendientes a la preservación e incremento del acervo cultural de nuestro pueblo; sus monumentos arqueológicos y lenguas autóctonas, así como todas aquellas expresiones de vida comunitaria que conforman nuestra nacionalidad.

Promoción del Desarrollo
Realizar investigaciones científicas, humanísticas y tecnológicas, adecuadas principalmente a los problemas del Estado y del País.