El Instituto de Estudios de la Energía de la UNISTMO, se forma a principios del año 2007. Surge con el propósito que sus integrantes trabajen en proyectos de investigación que colaboren al desarrollo en materia energética y poder proporcionar a la región del Istmo de Tehuantepec, al estado y por ende del país, de los recursos materiales y humanos necesarios para su desarrollo.

Dentro de sus objetivos están:
• Formar recursos humanos de de alto nivel científico y técnico.
• Desarrollar investigaciones que den soluciones innovadoras a problemas de la ciencia y la tecnología energética.
• Fomentar la cultura de la eficiencia energética y de desarrollo tecnológico.
• Fomentar el desarrollo de nuevas empresas de base tecnológica.
• Brindar servicios en materia energéticas a empresas e instituciones estatales.

Para realizar lo anterior, el instituto cuenta con los siguientes laboratorios:
• Energía Eólica
• Energía Solar
• Biomasa y Geotérmica
• Hidrocarburos
• Oceánica
• Hidrogeno
• Simulación
• Hidráulica