Estructura General.
 
  • El Rector.
    Nombrado por el Gobernador del Estado de Oaxaca
  • El Consejo Académico.
    Con competencia presupuestaria y que también confirma los nombramientos definitivos y ascensos de profesores, los planes de estudio, etc.
  • El Consejo Económico
    Órgano de enlace entre la Universidad y la sociedad, que está formado por representantes de la propia Universidad, del gobierno del Estado y de la sociedad civil
El presupuesto es cubierto por el gobierno del Estado y la Secretaría de Educación Pública, además de los ingresos propios, donaciones o cobro de servicios. La Universidad del istmo, inició sus actividades en julio de 2002. Cuenta con aproximadamente cuarenta edificios, en dos campus